داستان هورتون در مورد زندگی موجودات کوچک تر می باشد که شخصیت اصلی داستان یعنی فیل هورتون ، یک شبدر پیدا می کند که با شنیدن صدایی متوجه حضور یک عالم دیگر برروی آن شبدر کوچک می شود و با شهردار آن شهر یعنی ند آشنا می شود . ولی اطرافیان حرف های او را باور نمی کنند تا اینکه کانگرو قصد نابود کردن شبدر را می گیرد و هورتون نیز برای زنده نگه داشتن شهر Whovile تلاش می کند …